Статтю присвячено дослідженню алгоритмічної структури органів та підрозділів митного спрямування, які перебувають у сфері управління Державної фіскальної служби України. Доведено, що якісно нове визначення стратегії та тактики розвитку сфери державної митної справи має глобальний характер, адже з огляду на важливість інтеграції у світовий торгівельний простір тенденції світового розвитку встановлюють все нові завдання та вимоги до структурної перебудови й реформування митної галузі. У зв’язку з цим постає необхідність пошуку оптимальної моделі функціонування системи суб’єктів здійснення державної митної справи. Встановлено, що у процесі проведення досить швидких трансформаційних змін законодавства України з питань державної митної справи та пошуку найоптимальнішої моделі здійснення державної митної справи відбулося фактичне розчинення митних органів у системі ДФС України. Акцентовано увагу на тому, що державну митну справу у найрізноманітніших формах у межах своїх повноважень здійснюють усі ланки системи органів та підрозділів, які перебувають у сфері управління ДФС України. На основі аналізу чинного законодавства України з питань державної митної справи розкрито структуру органів та підрозділів митного спрямування, які перебувають у сфері управління ДФС України. Крім того, досліджено питання створення в Україні аналогів підрозділів із протидії тероризму та контрабандній діяльності (АТСЕТ). Обґрунтовано той факт, що інновації та ініціативи операційного та функціонального реформування системи ДФС України та її структур повинні бути здійснені на основі комплексних і системних методів, а не на базі реформаторських проектів у межах окремого експериментального полігону.